U odjeljenju za animalnu proizvodnju i tehnologije, te uzgojno – selekcijski rad u stočarstvu, vrše se slijedeći poslovi: praćenje i razvitak animalne proizvodnje i tehnologije, registriranje i identificiranje životinja , vođenje jedinstvene baze podataka o registraciji imanja i obilježenim domaćim životinjama za područja cijele Federacije Bosne i Hercegovine, poslovi uzgojno - selekcijske službe u oblasti govedarstva, ovčarstva, kozarstva, peradarstva, ribarstva i pčelarstva; uvođenje novih suvremenih tehnologija u animalnoj proizvodnji i tehnologiji prerade animalnih proizvoda, obavljanje poslova savjetodavne službe iz domena animalne proizvodnje i prehrambene tehnologije, izrada studijsko analitičkih i informaciono dokumentacionih materijala iz nadležnosti odjeljenja, obavljanje znanstveno istraživačkih i stručno operativnih poslova, te ostvarivanje suradnje sa nadležnim institucijama i organizacijama.