Odsjek za kontrolu kvalitete poljoprivredno-prehrambenih proizvoda, duhana i duhanskih proizvoda obavlja stručne i druge poslove koji se odnose na: pripremanje i poduzimanje odgovarajućih mjera, radnji i postupaka radi izvršavanja poslova u oblasti kontrole poljoprivredno-prehrambenih proizvoda, duhana i duhanskih proizvoda putem kvalitativnih i kvantitativnih fizikalno-kemijskih ispitivanja, te zdravstvene ispravnosti namirnica biljnog i animalnog porijekla, što uključuje ispitivanja prisutnosti bakterija, virusa, gljivica i sl. uzročnika promjena u kvaliteti poljoprivredno-prehrambenih proizvoda, te prisustva rezidua pesticida, mikotoksina, antibiotika, toksičnih elemenata, teških kovina i drugih štetnih tvari , te izdavanje izvješća o izvršenim laboratorijskim ispitivanjima poljoprivredno-prehrambenih proizvoda, duhana i duhanskih proizvoda, obavlja i druge poslove iz nadležnosti odsjek