Odsjek za animalnu proizvodnju obavlja stručne i druge poslove koji seodnose na: praćenje i razvitak animalne proizvodnje, educiranje farmera iz oblasti govedarstva, ovčarstva, peradarstva, pčelarstva, ribarstva i ishrane stoke, sudjelovanje u izradi zakona iz oblasti stočarstva, donošenje stručnih naputaka za unaprjeđenje i razvitak stočarstva, obavljanje znanstveno-istraživačkih i razvojnih aktivnosti, ostvarivanje suradnje sa nadležnim institucijama i organizacijama iz oblasti stočarstva i obavljanje drugih poslova iz nadležnosti odsjeka.