U sklopu Agrokemijskog laboratorija provode se složena kemijska ispitivanja tla, biljaka i mineralnih, organskih gnojiva. Primarna zadaća laboratorija je pružanje znanstveno-stručne pomoći poljoprivrednicima, mladim stručnjacima i drugim zainteresiranim stranama kroz kontrolu plodnosti tla i određivanju kvalitete gnojiva i drugih organskih i anorganskih tvari.

Agrokemijski laboratorij Federalnog agromediteranskog zavoda Mostar vrši fizičko-kemijska ispitivanja tla-kontrolu plodnosti zemljišta sukladno akreditiranom području navedenom od Instituta za akreditiranje Bosne i Hercegovine, broj LI-45-01 kojim se potvrđuje da navedeni laboratorij ispunjava zahtjeve standarda BAS EN ISO/IEC 17025:2018 u pogledu osposobljenosti za izvođenje ispitivanja, i to: iz Područja rada LI 2-fizičko-kemijska ispitivanja:

Podpodručje rada LI 2.8-Tlo (http://bata.gov.ba/Akreditirana_tijela/Dodaci/LI/LI-45-01.pdf) :

Podpodručje LI-2.16-gnojiva (đubriva) (http://bata.gov.ba/Akreditirana_tijela/Dodaci/LI/LI-45-01.pdf):

Laboratorij osim akreditiranih metoda, izvodi analizu kompletnog seta parametara potrebnog za kontrolu plodnosti tla (određivanje sadržaja suhe tvari i sadržaja vode na osnovu mase-gravimetrijska metoda, ukupni dušik, lako-pristupačni fosfor, lako pristupačni  kalij, aktivne reakcija tla i supstitucijska reakcija tla, ukupni karbonati, aktivno vapno, humus, potrebe vapna za kalcificiranjem), kao i ostale metode potrebne za ocjenu kakvoće tla i gnojiva.